第1集：旅行开始，从真砂镇到双叶镇 （小光登场、小智的长尾怪手归队） 第2集：寻找皮卡丘！202号道路！ ！（小智收服姆克尔、小次郎得到尖牙笼、小刚归队） 第3集：对战劲敌 三对三 ！（小光加入） 第4集：圆企鹅对战含羞苞 小光的初次战斗！ 第5集：收服草苗龟（小智收服草苗龟） 第6集：迷惑之森，与真嗣的再度相遇 第7集：圆企鹅加油！ 第8集：谜之道馆的不良蛙！（小刚得到不良蛙） 第9集：和卷卷耳一起玩 （小光收服卷卷耳） 第10集：神奇宝贝手表入手困难 （小光得到神奇宝贝手表） 第11集：小光！华丽大赛初登场！！ 第12集：华丽大赛战斗!劲敌对决! 第13集：胖胖翁加油! (小智的姆克尔进化成姆克鸟) 第14集：一切交给小刚吧! （小刚的爱哭树进化成胡说树） 第15集：黑铁道馆!平田对战真嗣! 第16集：头盖龙VS皮卡丘! 第17集：古代小精灵大进击! 第18集：再战黑铁道馆!决战暴槌龙 （小智得到黑铁徽章） 第19集：收服帕奇利兹没问题? (小光收服帕奇利兹） 第20集：神奇宝贝猎人J ！ 第21集：最强的鲤鱼王与最美的笨笨鱼! 第22集：帕奇利兹VS长尾怪手! 第23集：爆走的大钢蛇，守护大牙狸之村! 第24集：小智对抗皮卡丘!? 第25集：罗斯蕾朵与花之传说! 第26集：神奇宝贝华丽大赛，索诺大会 ！ 第27集：决战，圆企鹅对舵企鹅! （小光得到缎带） 第28集：鬼飘飘与北风的使者! 第29集：小智与小光，双人合作赛没问题!? 第30集：白岱之森，蓑衣虫进化作战! 第31集：草苗龟对草苗龟！速度对决! 第32集：琥珀之城的女王蜂! 第33集：神奇宝贝变装大会 (小刚得到蛋) 第34集：泳气鼬!通向最强的道路 （小光收服泳气鼬） 第35集：四天王悟松与青铜众! 第36集：神奥时空传说! 第37集：白岱会馆！对战莱子! （小智得到三叶徽章） 第38集：高速自行车道上的伟大诞生!! (小刚的蛋孵化成粉红蛋) 第39集：皮卡丘看家？！ 第40集：冠军，希罗娜登场 ！ 第41集：小光与小希与双人表演 第42集：落雷兽训练中心！ 第43集：巫妖！从恶梦中逃脱！！ 第44集：帮助迷路的沼泽河马！ 第45集：猎人J再次登场！守护盾面龙 第46集：迷路曳行！全员紧绷！ 第47集：美留与凯西与水之底！ 第48集：小智与小光！迎向新的冒险！！ 第49集：神奇宝贝华丽大赛！茵缘大会！！ 第50集：全员参加！双人合作赛！！ 第51集：小火猴VS猫鼬斩！命运之战！！ 第52集：双人合作赛！决胜战！！（小智收服小火焰猴）(真嗣的电击怪进化成电击兽） 第53集：小火猴之泪！ 第54集：菜子与沙漠奈亚！再见是为了谁！（小次郎的沙漠奈亚离队） 第55集：长尾怪手与泳气鼬！各自的道路！！（小光的泳气浮鼬和小智的长尾怪手交换） 第56集：花岩怪的封印石！ 第57集：呆水狸知道了！！ 第58集：红钢鼻！热血之魂！ 第59集：雷电狮的眼睛！ 第60集：花蕊遗迹的未知图腾！（小光的长尾怪手进化成双尾怪手) 第61集：神奇宝贝华丽大赛，花蕊大会!(武藏得到缎带) 第62集：女仆咖啡店的罐 第63集：小山猪三只组与温泉蒸气对战 第64集：天蝎王与天蝎（小智收服天蝎，嫩苗龟学会能量球，真嗣收服天蝎王） 第65集：帕奇利兹在沙河马里 第66集：路卡利欧，愤怒的波导弹 第67集：小光初次挑战道馆战！（小智的姆克鸟学会勇鸟） 第68集：户张道馆！路卡利欧VS泳气鼬！（小智得到格斗徽章） 第69集：时尚达人！名叫银河图! 第70集：振作起来，小风铃! 第71集：神奇宝贝保育家！波导的利欧路！-前篇 第72集：神奇宝贝保育家！波导的利欧路！-后篇 第73集：再见了 毒粉蝶！（武藏的毒粉蝶离队） 第74集：皮卡丘！雷丘！通向进化的道路！！ 第75集：华丽大赛尊者——米可利登场！！(小遥登场） 第76集：七星级餐厅！以联协战斗享受豪华宴席！！（小遥归队) 第77集：强敌云集！米可利杯！！ 第78集：激斗！各自的劲敌！！ 第79集：决战！小光对小遥！！(小遥离队）（小光赢得缎带） 第80集：阳阳玛！收服作战！！（武藏收服服阳阳玛,阳阳玛进化成梅卡阳玛） 第81集：灼热的小火猴！ 第82集：野濑大湿原的毒蟾斗士庆典！？ 第83集：野濑会馆！VS最强的假面！！（小智得到波纹徽章） 第84集：里山先生家的大食客小山猪！(小光收服小山猪) 第85集：天蝎！友情之翼!!(小智的天蝎进化成天蝎王) 第86集：茵缘时装系列发布会！通往神奇宝贝造型师之路！！ 第87集：挡路的可达鸭 第88集：宠物小精灵夏日学校课程! 第89集：研究发表『湖之传说』！ 第90集：放学后是幽灵时间！ 第91集：最后的大胜负！宠物小精灵铁人三项！！ 第92集：回归原点的火箭队！？ 第93集：跳的拳击练习场领导人！梅丽莎登场！ 第94集：电栗鼠发烧了! 两人来看护!? 第95集：神奇宝贝华丽大赛！神巫大会！(小光获得缎带） 第96集：银河团的袭击！！(前篇） 第97集：银河团的袭击！！(后篇） 第98集：漂浮的未知怪物！？（再次遇见小葵） 第99集：四天王阿柳！相会与离别的森林！ 第100集：嫩苗龟、树林龟…然后土台龟！（小智的嫩苗龟进化为树林龟） 第101集：劲敌训练家·小纯登场！！ 第102集：缘之道馆战！对抗梅丽莎！！（小智得到茵缘徽章、武藏获得缎带勋章） 第103集：混战混乱 水脉市！ 第104集：克雷色利亚对抗达库莱伊！ （小光的小山猪进化为长毛猪） 第105集：羊羹与洛托姆！ 第106集：与神奇宝贝友好相处之道！？ （小光的长毛猪进化为象牙猪） 第107集：战槌龙对抗护城龙！！ 第108集：水脉道馆战！钢铁的对战！（小智得到钢铁徽章） 第109集：迷路的吼吼鲸！ 第110集：阿玄与路卡利欧！ 第111集：钢铁岛的遗迹！ 第112集：皮卡丘与圆企鹅漂流记！ 第113集：恶作剧的霏欧纳 第114集：神奇宝贝华丽大赛！通草大会（小光得到缎带） 第115集：野蛮的君莎与搭档音符鹊! 第116集：暴风雪中的雪妖女! 第117集：火箭队解散!? 第118集：神奇宝贝圆环！天空大决战!(小智的姆克鸟进化成姆克鹰） 第119集：激烈冲突!象牙猪对抗波士可多拉 第120集：教学!神奇的口袋中的宝贝! 第121集：孤独的雪笠怪！ 第122集：进化，这次是圆企鹅！？ 第123集：神奇宝贝华丽大赛 立浪大会! 第124集：神奇宝贝乒乓大会！双尾怪手加油！(小光的双尾怪手离队) 第125集：樱花宝！勇气对战!? 第126集：训练家培育学园的铃奈老师！ 第127集：切锋道馆！冰之对战!（小智得到冰河徽章） 第128集：对战金字塔！真嗣对抗神代 第129集：复活的雷吉奇卡斯！J再度登场! 第130集：电龙列车！“好看”登场! 第131集：全员对战！真嗣对抗小智!（前篇） 第132集：全员对战！真嗣对抗小智!（后篇）（小智的小火猴进化成猛火猴） 第133集：由克希之影 ! 第134集 森林之王,巨蔓藤 第135集 全员参战 神奇宝贝齐心协力 第136集 时间和空间！银河团的野心！ 第137集：玛力露·圆企鹅·电击怪! 第138集：小光对抗妈妈！亲子对决! 第139集：救出大木博士！牛蛙君对抗毒蟾斗士! 第140集：天然雀，天然鸟…不可思议的森林！ 第141集：对战塔大君！那位男子叫山棕! 第142集：历史上最坏的波克比！ 第143集：城都之日！菊草叶与小锯鳄登场!（琴音、和也加入，小光得到蛋，并孵化成火球鼠） 第144集：迷宫捕获!?山谷中的风力发电厂! 第145集：圆陆鲨…收服到了！(和也收服圆陆鲨) 第146集：神奇宝贝华丽大赛！睡莲大会！ 第147集：小智与小光！双打对战！(和也的小锯鳄进化成蓝鳄，琴音、和也离队） 第148集：梦妖与黑暗鸦与暗之石！ 第149集：皮卡丘和圆企鹅分开了！ 第150集：红的锁链！银河团起动! 第151集：亚克诺姆·由克希·艾姆利多！ 第152集：帝牙卢卡与帕路奇亚！最后的战斗！ 第153集：危险满满!小次朗的宝箱! 第154集：空中大师登场!天蝎王vs巨钳螳螂!（天蝎王离队） 第155集：双人对战!象牙猪与火球鼠! 第156集：圆陆鲨与龙星群！（小智和圆陆鲨相遇） 第157集：收服到圆陆鲨了！（小智收服圆陆鲨） 第158集：爆走！自爆磁怪VS巨金怪!! 第159集：急冻拳！泳气鼬对抗吸盘魔偶!!（小智的泳气鼬学会急冻拳） 第160集：燃烧吧卡比兽！神奇全能的王者!!（未发布） 第161集：神奇宝贝华丽大赛！朝月大会!!（未发布） 第162集：双打比赛!VS正电拍拍・负电拍拍!!（未发布）
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