在地球的洪荒时代，天地精气孕集，阴阳交融，有名而自无名始，两仪生四象，四象生八卦......打住！反正经过复杂到没人说得清楚的物理化学反应后，地球上开始生长生命之树，一级一级地产生各种各样的生物，扩散于地球的陆地、海洋与天空，使天地之间充满了生机。终于有一天生命之树生长到了最顶点，阳气精华与阴气精华各自凝结成为adam（亚当）与lilith（利利斯），adam是雄体而lilith是雌体的最高形式生物。在他们“禁断的融合”后lilith产生了一个“lilith之卵即黑之月”，从中进而产生了十八个使徒，其中十七个获得了生命之果。不知是不是因为生命之树上生命之果只长着十七个，第十八使徒只能将就获得了智慧之果，因此a.t.field的力量微弱，不足以维持一个总形态，只能分化瓦解以不同的形态存在着，这就是——人类。生命之树从此也不再存在，但生命之树中的“光和水”，即能量与传输物质，构成了人类的灵魂。最后生命之树只剩下一点点没烂掉的根根须.。须，成为后世所称的郎基奴斯长枪。adam、lilith及二到十七号使徒均进入了休眠状态，而仍处蒙昧的人类则各奔前程，其中有一些智者还知道曾经发生过的事情，这些事情被作为传说写进了死海文书，或许还被写进了山海经也说不定的.......
时光飞驰，当年的第十八使徒——人类，足迹已经遍步地球，凭借智慧发展出高度发达的文明，并以世界的主人自居。然而“心的屏障”使人与人之间产生隔阂，心灵中充满冷漠与悲哀，孤寂感迫使人类开始寻找新的生存之道......公元1947年，在约旦溪谷的洞窟中，一些吉普赛人偶然发现了死海文书，震惊了考古学界。其破译工作持续了很多年，终于取得成功。其记载内容令人震惊，不但指出人类与使徒的起源，还指出将来某一时刻由adam与lilith所生的必将归还本体，重新生长出生命之树并产生新形态的生命体。在这一过程中，人类和使徒，哪一方控制adam是至关重要的，因为遗传因子都从adam而出（所以adam也称作第一使徒、最初的人），控制adam的一方回归lilith之卵后，便可以成为新生命形态，或者说就是成为神，而失败的一方只有死亡（赢的一方尽管也得死但灵魂得到拯救）。因此在这个约定时刻到来之前，使徒一定会苏醒来与人类为敌，人类要顺利完成回归就必须在此之前消灭全部使徒。
为此目的，秘密组织seele成立了，它的德文意思是灵魂，以基路议长为首，制订了人类补完计划的剧本，或称时间表，其下属执行机构为gehirun（意为大脑），以后改称为nerv（意为神经）。seele在全世界招收研究人员，其中有一名是在日本京都大学从事研究工作的女学生碇唯，在1999年她所写的研究报告引起了形而上生物学教授冬月的注意。同时注意她的还有一心要往上爬的六分仪源度，只用了几个月时间他就把唯泡到手，并由此也进入了seele组织成为第十三位成员（这个数字注定他是背叛的犹大）。随着研究的深入，seele在2000年向南极派遣了葛城考察队，但其中只有源度一人知道考察的最终目的.......
特务机关 NERV
由国联直属的非公开武装组织，从属于SEELE。表面上的任务是为了预防“第三次冲击”、以及对使徒进行调查、研究、歼灭的工作，但实质的目的是执行“人类补完计划”。其前身是在“第二次冲击”后创立的人工进化研究所，也可称作“GEHIRUN”（在德语中意为“脑”）。2010年，MAGI电脑系统完成后，改组为NERV（在德语中意“神经”）。最高执权者是基路-罗兰兹，最高司令是碇元渡，副司令为冬月。总部位于第三新东京市的地下，以下所属有战术作战、技术开发、特殊监察与保安谍报等部门。之外，在世界各国亦有诸多分部，是个跨国界的庞大组织。
上帝说，我会回来的，当我回来时，我要毁灭这个世界！
挪亚遵从上帝的旨意建造了方舟，使地球上的生命从大洪水中存活了下来。这次大洪水是上帝的惩罚，被称为第一次冲击。从考古学的角度来说，远古确实有过一次毁灭了世界上大部分人口和许多史前文明的大洪水，并留存于世界上各个民族的传说中。
公元2000年8月，葛城考察队到达南极，他们发现的巨大人形生命体，实际上是adam与lilith的融合体。葛城的计划是攫取或控制adam与lilith的s^2机关，将adam与lilith分离并缩小后用于人类未来的补完计划。但是有件事他不知道，adam与lilith无论是融合还是分离都会释放巨大的爆炸能量和反atfield力，这就与核聚变与核裂变都会产生大爆炸与冲击波的原理一样，只是爆炸当量不同。所以尽管adam与lilith分离所造成的灾难不会灭亡全部人类，但却将杀死地球上的一半人口。而十六年后的第三次冲击是adam与lilith的重新融合，整个世界都将再劫难逃了。
一无所知的葛城继续他的分离实验，甚至将自己的女儿也带在身边。九月十二日，得到seele指示的碇源渡携带资料离开南极，第二天实验便以一场大爆炸告终。强大的反atfield力唤醒了第二使徒，即那张模糊的照片上发出白光的巨人，它张开的巨大翅膀覆盖了整个南半球，魔鬼般的咆哮声中南极化为一片血海，巨大的海啸数小时内就淹没了大片陆地，使数以亿计的人丧生。在这场末日灾难中，只有葛城美理被其父亲奋力解救逃脱，碇源渡随后返回南极顺便救起了她。但碇源渡的主要目的是回收adam、lilith、第二使徒，只有朗基奴斯枪被留了下来（患上失语症的葛城美理被关在一艘南极考察船上近两年，似乎回收工作持续时间很长）。第二次冲击引起的连锁灾难直到2002年才渐趋平静下来。地球上的气候也变得怪异，如日本就变成全年皆夏，无论何时都听到蝉的叫声，这恐怕是因为地轴偏转的缘故。